Unidad de Genómica y Citometría de Flujo

Ensayos/Servicios que ofrece

La Unidad de Genómica y Citometría de Flujo ofrece sus servicios a investigadores de entidades públicas y privadas relacionados con la I+D+i en el ámbito de la biotecnologíá, la genética y los estudios afines. Concretamente, se dispone de la siguiente relación de servicios:

• Citómetro con Operador.
• Marcaje de muestras
• Análisis de resultados (Software específico).
• Sorting celular en equipo FACS Melody
• Cuantificación por Nanodrop
• Cuantificación de DNA, RNA y Proteínas en fluorímetro QBIT
• Cuantificación de integridad de RNA en fluorímetro QBIT4
• Chequeo de muestras de DNA/RNA en E-GEL Power Snap System
• PCR convencional
• Q-PCR (uso del instrumento).
• Análisis de resultados y diseño de primers/sonda
• Retrotranscripción de muestras de RNA.
• Retrotranscripción de muestras de RNA + Cuantificación de marcaje en Nanodrop
• Bioanalizador Qsep TM  ONE
• PCR QuantStudio 12k

Personal del laboratorio

Equipos disponibles

Sistemas de PCR en Tiempo Real ABI 7500 Fast (APPLIED BIOSYSTEMS)

Se trata dos equipos de PCR en Tiempo Real que detectan y cuantifican secuencias de ácidos nucleicos. La detección de los productos de PCR acumulados ciclo a ciclo es posible mediante la combinación de ciclos de temperatura programados, la detección de fluorescencia y la utilización de aplicaciones informáticas específicas.

Aplicaciones:

• Cuantificación de la expresión génica.
• Cuantificación absoluta de ADN (cuantificación de microorganismos en muestras biológicas, cuantificación de dosis génica).
• Genotipado (detección de polimorfismos de un nucleótido).

QuantStudio  12K (Applied Biosystems)

Equipo de PCR para placas de 96, 384, Taqman array Cards, trabajando con sondas Taqman y reactivo SYBR

La PCR digital compartimentaliza una reacción de PCR genérica en miles de reacciones a escala de nanolitros, cada una de las cuales contiene ninguna, una o sólo unas pocas moléculas de ADN. Al realizar el recuento de las reacciones positivas y aplicar las estadísticas de Poisson, se logra una cuantificación absoluta de la muestra. La dPCR supera las limitaciones comunes de la qPCR, como la necesidad de curvas estándar, la baja precisión al medir objetivos raros y la falta de sensibilidad en condiciones de fondo elevadas

Equipo de fotodocumentación Molecular Imager Chemidoc MP

Equipo para toma de imágenes de fluorescencia de geles y membranas de DNA, RNA y proteínas, placas multipocillo.

Aplicaciones:

• Detección y cuantificación de ácidos nucleicos y proteínas marcados con fluorescencia presentes en soportes sólidos o en disolución como membranas, geles o placas de distintos tipos.

Bioanalizador QSEP ONE TM (BIOPTIC)

Es una plataforma basada en la tecnología de microfluidos diseñada para la determinación del tamaño, cuantificación y el control de calidad de ADN, ARN y proteínas en un único instrumento, mediante electroforesis capilar. Los resultados se obtienen en un corto espacio de tiempo de forma automatizada.

El funcionamiento se basa en electroforesis capilar gel (incluido en un cartucho recambiable) con un detector de fluorescencia inducida por LED integrado de alta sensibilidad con capacidad para analizar de 1 a 8 muestras.

Espectrofotómetros Nanodrop 1000 y NanodropTM ONE (Thermo Scientific).

NANODROP 1000:

Espectrofotómetro que permite usar hasta 1 microlitro de muestra para su cuantificación.

Aplicaciones:

Cuantificación precisa y determinación de calidad de muestras de ácidos nucleicos y proteínas utilizando volúmenes muy pequeños de estas muestras. Proporciona el espectro de absorción de la muestra.

NANODROPTM ONE:

Mide la variación de la absorbancia con la longitud de onda de una disolución empleando solo una microgota de 1 y 2 microlitros. A partir de la absorbancia, calcula automáticamente la concentración de DNA, RNA, proteínas y otras sustancias, mostrando todo el espectro ultravioleta-visible. Para detectar y cuantificar impurezas incluye el software AcclaroTM, que tiene un algoritmo para corrección de los valores de concentración de las muestras. Además, posee una opción que mide la integridad de las muestras mediante un procesamiento digital de imagen.

Fluorímetro QUBIT (Thermo Scientific).

Se utiliza principalmente para medir específicamente concentración de DNA, RNA y proteínas mediante fluorescencia...reacción con kits específicos...determinación de integridad de RNAs…fluorimetría de otros tipos de muestras...

FLUORÍMETRO FLUORSTAR OMEGA (BMG LABTECH)

Lector de microplacas para detección de fluorescencia y absorbancia.

2 detectores de fluorescencia :

Rango de Excitación de Fluorescencia 415 nm y de Emisión 550nm.

Rango de Excitación de Fluorescencia 485 nm y de Emisión 520nm.

Rango de absorbancia que cubre (espectro ultravioleta-visible).

ESTACIÓN DE PIPETEO PIPETMAX (GILSON)

Equipo de pipeteo automatizado para el procesamiento eficiente de ensayos biológicos que requieran un elevado número de pasos de pipeteo. Por ejemplo, ensayos que requieran rellenar placas multipocillo como PCR en tiempo Real o ensayos tipo ELISA. Mediante un software específico en el ordenador del equipo, se pueden configurar distintos protocolos de pipeteo en placas multipocillo.

Citometría de Flujo y Sorting Celular

CYTOFLEX (BECKMAN COULTER)

Citómetro con 3 láseres:

-Azul (488nm), filtros 525/40- FITC; 690/50-PC5.5; 585/42-PE; 780/60-PC7

-Rojo (638nm), filtros 660/20-apc; 712/25-APC A700; 780/60-APC A750

-Violeta (405nm), filtros 450/45-Pacific Blue; 525/40-Krome Orange; 610/20 -Brilliant Violet 610; 660/20-Brilliant Violet 660; 780/60 Violet 780

Capacidad de lectura de 13 parámetros de fluorescencia.

Puede analizar muestras en placas de 96 pocillos o en tubos.

SISTEMA BD FACS MELODY (BECTON DICKINSON)

Analiza y separa físicamente partículas o células en suspensión en un medio líquido.

Las células o partículas generalmente se marcan previamente con un anticuerpo conjugado con una molécula fluorescente o directamente con un fluoróforo. Estas células o partículas en suspensión pasan a través del sistema fluídico del sorter y son interrogadas por un láser que excita las moléculas fluorescentes. La luz emitida es captada por el sistema y convertida en una señal eléctrica que es analizada mediante el software de control.

El instrumento tiene 3 láseres de excitación, azul (488 nm), verde-amarillo (563 nm) y rojo (640 nm).

Puede detectar hasta 10 parámetros: tamaño (forward scatter), granularidad intracelular (Side scatter) y 8 parámetros de colores con la siguiente configuración:

• Para láser azul 2 filtros: 527nm bp32 (B), y 700 bp54 (A), aparte de los detectores de FSC y SSC.

• Para láser verde-amarillo 4 detectores:582 bp15 (D), 613 bp18 (C), 697 bp58 (B) y 783 bp56 (A).

• Para láser rojo 2 detectores: 660 bp10 (B) y 783 bp56 (A).

Otros equipos accesorios de la Unidad de Genómica:

-Termociclador C1000 Touch (BioRad). Este equipo tiene dos bloques programables de forma independiente, cada uno de 48 pocillos.

-Centrífuga refrigerada modelo 5415R (Eppendorf).

-Congelador de -86 ºC NUAIRE de 483l.

-Termobloque modelo Accublock (labnet).

-Software específico para diseño de oligonucleótidos de PCR y

sondas taqman.

-Software Acclaro para corregir la contaminación por DNA genómico y otros componentes de la extracción.

-Megafuge ST Plus Series Centrifuge. (Thermo Scientific).

-Termociclador ProFlex PCR system. (Applied biosystem).

Tarifas

Tarifas del laboratorio

Certificación/Acreditación del Sistema de calidad

La Unidad de Genómica y Citometría de flujo, dispone de un sistema de gestión de calidad según la norma UNE-EN-ISO 9001:2015, auditado anualmente por una empresa externa, Bureau Veritas Certification, quien evalúa su adecuación y cumplimiento.
Esta Certificación confirma las buenas prácticas de la Unidad, y reconoce la madurez y eficacia de su Sistema de Gestión, al mismo tiempo que ratifica su compromiso con la mejora contínua. Supone el reconocimiento externo a la labor y al esfuerzo del personal involucrado en ofrecer a nuestros clientes el mejor servicio disponible.

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Acceso al servicio

Acceso a través de ServiLIMS - URJC.