Según sus Estatutos, la CDED será gestionada y representada por una Comisión Permanente que tendrá las siguientes facultades:

1. Dirigir las actividades sociales y llevar la gestión administrativa de la CDED, acordando realizar los oportunos contratos y actos.
2. Ejecutar los acuerdos de la Asamblea General.
3. Resolver sobre la admisión de nuevos miembros ordinarios, una vez confirmado su cargo de dirección de una escuela de doctorado o, en su defecto, de responsable de la organización de los estudios de doctorado de una universidad del estado español.
4. Proponer a la Asamblea General la admisión de miembros asociados, justificando su conveniencia e interés.
5. Cualquier otra facultad que no sea de la exclusiva competencia de la Asamblea General de socios.

Composición actual

• Presidenta: Gotzone Barandika (Universidad del País Vasco) 
• Vicepresidenta: Ángeles Sirvent (Universidad de Alicante) 
• Secretario: Javier Salas (Universidad de Alcalá) 
• Vocal: Inmaculada Ponte Marull  (Universitat Autónoma de Barcelona) 
• Vocal: Emma Motrico (Universidad Loyola, Sevilla) 
• Vocal: Antonio Fernández Barbero (Universidad de Almería) 
• Vocal: Fernando Sanz Gracia (Universidad de Zaragoza)