El HUFA se sitúa entre los hospitales lideres de su categoría en Investigación en la Comunidad de Madrid. Las unidades con mayor número de publicaciones corresponden a Servicios con Profesores Titulares vinculados a la URJC: Digestivo (Conrado Fernández), Medicina Interna (Carlos Guijarro) y Dermatología (José Luis López Estebaranz).